Hoy, mis apreciados lectores, nos remontaremos al 1493, cuando Cristobal Colón llegó a Puerto Rico durante su segundo viaje.
El 25 de septiembre de 1493 Cristóbal Colón llegó al mar, en Cádiz, con 17 barcos y 1,200 a 1,500 hombres, para su segundo viaje. En este viaje descubrió Puerto Rico y lo nombró "San Juan Bautista", en honor a Juan, Príncipe de Asturias, hijo de Fernando II de Aragón e Isabel I de Castilla. Tomó posesión en nombre de la Corona de Castilla el 19 de noviembre de 1493 al arribar en la playa de la ciudad actual de Aguadilla.
El primer asentamiento, Caparra, se creó el 8 de agosto de 1508 por Juan Ponce de León, un teniente de Colón que más tarde se convirtió en el primer gobernador de la isla. Al año siguiente, la colonia fue abandonada en favor de una isla cerca de la costa llamada Puerto Rico, que tenía un puerto natural. En 1511 un segundo establecimiento, San Germán, se fundó en el suroeste de la isla. Durante la década de 1520 la isla tomó el nombre de Puerto Rico, mientras que el puerto se convirtió en San Juan.
La colonización fue la imagen del sistema de encomienda aplicado en todo el Nuevo Mundo por los españoles. Los colonos redujeron a los taínos como esclavos y les proporcionaron protección militar a cambio de su trabajo. El 27 de diciembre de 1512, bajo la presión de la Iglesia Católica Romana, Fernando II de Aragón promulgó las Leyes de Burgos que modificaron el sistema de encomiendas en un sistema llamado repartimientos con el objetivo de poner fin a la explotación de los nativos. La ley prohibía el uso de cualquier forma de castigo contra los nativos, regular sus horas de trabajo, su nómina, su salud y su estado de salud y los obligan a ser catequizados. En 1511 los taínos se rebelaron contra los españoles. El cacique Urayoán reanudó los planes de Agüeybaná y ordenó a sus soldados ahogar el soldado español Diego Salcedo para determinar si los españoles eran inmortales. Después del ahogamiento del soldado mantuvieron el cuerpo durante 3 días para confirmar su muerte. Sin embargo, la revuelta fue fácilmente aplastada por Ponce de León, y unas décadas más tarde la población nativa había sido diezmada por la enfermedad, la violencia y una alta tasa de suicidios.
Al darse cuenta de la oportunidad de ampliar su influencia, la Iglesia Católica también participó en la colonización de la isla. El 8 de agosto de 1511 el Papa Julio, estableció tres diócesis en el Nuevo Mundo, incluyendo una en Puerto Rico, las otras dos se encuentran en la isla La Española. Estos obispos están bajo la autoridad del arzobispo de Sevilla. Alonso Manso fue nombrado obispo de la Diócesis de Puerto Rico. El 26 de septiembre de 1512, antes de su llegada a la isla, la primera escuela de estudios superiores se establece por el obispo. Tomó posesión de su diócesis en 1513 y se convirtió en el primer obispo en llegar a América. Puerto Rico también se convirtió en el primer centro eclesiástico del Nuevo Mundo durante el reinado del Papa León X y el centro de la Inquisición española en el Nuevo Mundo.
Esclavos africanos llegaron a la isla desde 1513. Debido a la disminución de la población taína, más y más esclavos fueron traídos a la isla. Sin embargo, el número de esclavos en la isla era baja comparada con las islas vecinas. Al mismo tiempo, los esfuerzos para fortalecer el control de España en Puerto Rico se intentó desde el principio de la colonización. Los caribes, una tribu de piratas del Caribe, atacaron los asentamientos españoles en las costas y ríos de Dagua Macao en 1514 y luego en 1521, pero cada vez fueron fácilmente repelidos por la potencia de fuego de los españoles.
