Durante el reinado de Nabónido, en la vecina Media se sucedió la inestabilidad. Un nuevo jefe llegó al principado de Anshan, vasallo del reino medo. Se hizo llamar Ciro II de Anshan, más conocido como Ciro el Grande. En 559 a. C. el nuevo rey se declaró independiente de Media, lo que supuso la guerra. No sólo consiguió mantener la independencia del principado, sino que en 550 a. C. tomó la capital meda, Ecbatana, convirtiéndose así en el nuevo monarca de toda la región. A continuación Ciro se lanzó a la conquista del reino de Lidia, en Asia menor, cuya conquista completó en el 547 a. C. Durante estas campañas Nabónido de babilonia se mantuvo inactivo. Sin embargo, tras la caída de Lidia, buscó la alianza de Egipto contra el posible invasor. Ésta resultó inútil y en 539 a. C. Ciro se encontraba atacando la capital babilonia.Con la conquista persa terminó la historia de Babilonia como reino independiente.
Este evento también está registrado en la Biblia, en el capítulo 5 del libro de Daniel, donde se narra la historia de la escritura en la pared "MENE, MENE, TEKEL, UPARSIN".
