Fue fundada el 8 de septiembre de 1636 con el nombre de New College o the college at New Towne. Cambió el nombre a Harvard College el 13 de marzo de 1639, en recuerdo a su benefactor John Harvard, un joven clérigo que donó a la institución su biblioteca de 400 libros y 779 Libras, que era la mitad de su patrimonio. En la nueva Constitución de Massachusetts de 1780 se encuentra por primera vez el cambio de nombre de Harvard College a Harvard University. Durante sus 40 años de mandato como presidente de Harvard, de 1869 a 1909, Charles William Eliot transformó radicalmente el modelo de universidad que había en Harvard, convirtiéndola en un centro de investigación moderna; estas reformas incluyeron cursos electivos, pequeñas clases, y la entrada en vigor de los exámenes. Este modelo ha influido en la educación de todos los Estados Unidos, tanto en la educación universitaria como en la secundaria. Eliot también fue el responsable de la publicación del ahora famoso Harvard Classics, una colección de grandes libros de múltiples disciplinas, que ofrece una educación universitaria "en quince minutos de lectura al día". Durante su influyente presidencia, Eliot llegó a ser tan ampliamente reconocido como figura pública que a su muerte, en 1926, su nombre y el de Harvard, se ha convertido en sinónimo de las aspiraciones universales de la educación superior estadounidense.
