Antes de huir de Moscú, el Conde Rostopchín dio orden de que el Kremlin y los principales edificios públicos, incluidas las iglesias y monasterios, fueran voladas o incendiadas. Pero esta no fue la causa fundamental del incendio que destruyó la ciudad. Cuando la mayor parte del ejército francés se trasladó a la ciudad, se produjeron algunos incendios. Su causa no ha podido ser determinada y tanto las órdenes de Rostopchín como algún tipo de accidente o negligencia son causas posibles. Hoy en día, la mayoría de los historiadores atribuye los incendios iniciales al sabotaje ruso.
Esta versión es confirmada por el General Armand de Caulaincourt. Él afirma que han estado en Moscú durante tres días. Esa tarde comenzó un pequeño fuego pero fue extinguido y se atribuyó su causa a que "las tropas no tuvieron cuidado". Más tarde esa noche, a las 10:30 P.M., Coulaincourt fue despertado por su valet con la novedad que "desde hace cuarenta y cinco minutos la ciudad se encuentra en llamas". Los focos de incendio continuaron apareciendo en múltiples puntos separados entre si. Los incendiarios fueron arrestados e interrogados y declararon que su oficial al mando había ordenado quemarlo todo.
La Grande Armée, que acampó y fue al saqueo de la ciudad, también tuvo su parte de responsabilidad ya que muchos edificios se incendiaron por hogueras que hicieron para cocinar. La catástrofe comenzó como muchos pequeños incendios que creció rápidamente fuera de control y formaron un incendio generalizado. La medidas de control de Napoleón y las ejecuciones de los "incendiarios" se pusieron en práctica después de que la mayor parte de la ciudad ya estaba en llamas. El fuego se extendió rápidamente debido a que la mayoría de los edificios en Moscú eran de madera. Y aunque la ciudad tenía un cuerpo de bomberos, su equipo había sido previamente retirado o destruido por orden de Rostopchín. Cuando Napoleón se retiró a un castillo fuera de la ciudad, sus tropas terminaron por perder la disciplina y comenzaron a saquear sin control en todo Moscú. Incluso los duros castigos no pudieron evitar el saqueo y que se golpeara a los ciudadanos y se produjeran violaciones por los soldados franceses durante el incendio.
Lev Tolstói, en su novela Guerra y paz, sugiere que el fuego no fue deliberado, ni por los rusos ni por los franceses, sino que fue el resultado natural de la colocación de una ciudad desierta, en su mayoría de madera, en manos de las tropas invasoras en invierno, cuando se declaran incendios comienzan casi todos los días. Incluso con la ciudad ocupada y un departamento de policía en pleno funcionamiento, ya que los soldados comenzaron a fumar sus pipas, cocinar sus alimentos dos veces al día y la quema los bienes del enemigo en las calles. Algunos de esos incendios, inevitablemente, quedaría fuera de control. Sin un cuerpo de bomberos eficiente, estos incendios en el una casa se extenderá hasta propagarse por el barrio, y en última instancia a toda la ciudad.
