Fue un líder indígena líder de la mayor rebelión anticolonial que se dio en América durante el siglo XVIII. Encabezó el mayor movimiento de corte indigenista e independentista en el Virreinato del Perú. Fue el primero en pedir la libertad de toda América de cualquier dependencia, tanto de España como de su monarca, implicando esto no sólo la mera separación política sino la eliminación de diversas formas de explotación indígena. Además decretó la abolición de la esclavitud negra por primera vez en América el 16 de noviembre de 1780. Su movimiento constituyó un movimiento decisivo, debido al cual las autoridades coloniales eliminaron a la ya escasa clase indígena noble y acrecentaron la represión contra lo andino, por el temor de que algo así volviera a repetirse; aumentando el resentimiento indígena-español.
El 4 de noviembre de 1780 se inicia el movimiento militar de José Gabriel Condorcanqui contra la dominación española, adoptando el nombre de Túpac Amaru II, en honor de su antepasado, el último Inca de Vilcabamba. Su esposa Micaela Bastidas, así como familiares de ambos tuvieron una participación de primer orden en el movimiento, tanto en el reclutamiento, abastecimiento y hasta cierto punto en la toma de decisiones. Con el apoyo de otros líderes indígenas, mestizos y algunos criollos, la rebelión se extendió, llegando a tener tropas de decenas de miles de combatientes.
Pero, como sucede en la mayoría de las ocasiones con éste tipo de rebelión, fue capturado el 6 de abril de 1781, fue llevado a Cuzco encadenado y montado en una mula. Ingresó a la ciudad una semana después, mientras las campanas de la Catedral repicaban celebrando su captura. Apresado en el convento de la Compañía de Jesús, fue sucesivamente interrogado y torturado al límite del fallecimiento, con el objetivo de arrancarle información acerca de sus compañeros de rebelión en Cuzco y otras ciudades, y de sus ejércitos que aún conservaban grandes territorios.
Como se imaginarán, estas torturas fueron inútiles ya que no dio confesión alguna, más bien trató de enviar mensajes escritos con su propia sangre, pero estos fueron interceptados. La madrugada del 29 de abril a causa de los rigores del tormento le fracturaron el brazo derecho.
Un día durante el encierro cuando, José Antonio de Areche, autoridad del interrogatorio y ejecución enviado por el rey Carlos III de España, entró intempestivamente al calabozo para exigirle, a cambio de promesas, los nombres de los cómplices de la rebelión, Túpac Amaru II le contestó: "Solamente tú y yo somos culpables, tú por oprimir a mi pueblo, y yo por tratar de libertarlo de semejante tiranía. Ambos merecemos la muerte."
El 18 de mayo de 1781, en evento público en la Plaza de Armas de Cuzco, se cumplió la ejecución de Túpac Amaru II, su familia y sus seguidores. Los prisioneros fueron sacados de sus calabozos, metidos en sacos y arrastrados por caballos todos a la vez, uno tras otro, hasta llegar a la plaza. Luego, Túpac Amaru II fue obligado, a presenciar la tortura y asesinato de sus aliados y amigos, su tío, sus dos hijos mayores y finalmente su esposa, en ese orden. Luego, al igual que hicieron con varios de sus lugartenientes, con su tío y su hijo mayor, le cortaron la lengua.
Se intentó descuartizarlo vivo, atando cada una de sus extremidades a caballos para que estos tirasen de ellas y las arrancaran, pero al ser la acción infructuosa sus verdugos optaron por decapitarlo y posteriormente despedazarlo.
Su cabeza fue colocada en una lanza exhibida en Cuzco y Tinta, sus brazos en Tungasuca y Carabaya, y sus piernas en actual provincia de Chumbivilcas y en la actual provincia de Melgar, Puno. De igual forma despedazaron los cuerpos de su familia y seguidores, y los enviaron a otros pueblos y ciudades.
Su hijo menor, Fernando, al ser un niño de 10 años, no fue ejecutado, mas se le obligó a presenciar el suplicio y muerte de toda su familia y a pasar por debajo de la horca de los ejecutados, para luego ser desterrado a África, no obstante este se perdió y llegó en Europa, donde creció y tuvo familia pero no regresó al Perú.
A pesar de la ejecución de Túpac Amaru II y de su familia, el gobierno virreinal no logró sofocar la rebelión, que continuó acaudillada por su primo Diego Cristóbal Túpac Amaru, al tiempo que se extendía por el Alto Perú y la región de Jujuy.
La fama de Túpac Amaru II se extendió a tal punto que los indígenas sublevados en el llano de Casanare, en la región de Nueva Granada, lo reconocieron como rey de América.
Movimientos posteriores invocaron el nombre de Túpac Amaru II para obtener el apoyo de los indígenas, caso entre otros de Felipe Velasco Túpac Amaru Inca o Felipe Velasco Túpac Inca Yupanqui, quien pretendió levantarse en Huarochirí, que ahora es Lima, en 1783. La rebelión de Túpac Amaru II marcó el inicio de la etapa emancipadora de la historia de Perú. Esta Gran Rebelión produce una fuerte influencia sobre la llamada Conspiración de los tres Antonios. Los conspiradores se animaron a actuar gracias a las noticias de los avances de Túpac Amaru II en el Virreinato del Perú.
En Perú ha sido reconocido como el fundador de la identidad nacional peruana. Fue una figura capital para el régimen velasquista y desde entonces ha permanecido en el imaginario popular reivindicado.
