Durante sus 29 años de funcionamiento, la penitenciaría alegó que ningún preso escapó con éxito. 36 presos han participado en 14 intentos, dos personas lo intentaron dos veces; siete murieron y dos se ahogaron. Sin embargo, el 11 de junio de 1962, Frank Morris, John Anglin y Clarence Anglin llevaron a cabo con éxito una de las más complicadas fugas jamás concebidas.
En la parte posterior de las celdas de los prisioneros, en el Bloque B, donde se encontraban internados los fugitivos, había un pasillo no vigilado de uno 3 pies de ancho. Estos cincelaron el hormigón dañado por la humedad de alrededor de un respiradero que conducía a dicho pasillo, utilizando herramientas tales como una cuchara de metal soldada con plata de una moneda de diez centavos y un taladro eléctrico improvisado a partir de una aspiradora robada. El ruido era disimulado con el sonido del acordeón durante la hora de música, y el progreso de sus trabajos se ocultaba con falsas paredes de cartón que, en la oscuridad de las celdas, engañaba a los guardias.
El camino de la fuga conducía a través de un motor de ventilación; el ventilador y el motor habían sido eliminados y sustituidos por una rejilla de acero, dejando un hueco lo suficientemente grande como para que un preso pudiera subir. Robando una cuerda de carburo de silicio, un material casi tan duro como el diamante, del taller de la prisión, los presos habían quitado los remaches de la rejilla y los sustituyeron por otros de imitación hechos de jabón. También robaron varios impermeables para usarlos como balsa. Dejaron en sus respectivas camas muñecos de papel maché a los que le habían pegado pelo real de la barbería de la prisión para despistar a los guardias, y se fugaron. La hipótesis fue que llegaron a la bahía de San Francisco a las 10 p.m.
La investigación oficial del FBI contó con la ayuda de otro preso, Allen West, quien también formaba parte del grupo de los fugitivos pero finalmente se quedó. Se cree que no pudo abrir la rejilla de ventilación de su celda a tiempo o bien tal vez tuvo temor. En cualquier caso, cuando West fue capaz de abrir su rejilla, sus compañeros ya se habían marchado y con ellos la balsa, por lo que no tuvo más remedio que permanecer en su celda hasta el día siguiente, momento en el que se descubrió la ausencia de los presos. Objetos pertenecientes a los fugados fueron encontrados en la cercana isla Ángel, y el informe oficial sostiene que los fugitivos se ahogaron al intentar llegar a tierra en las aguas frías de la bahía, pero sus cuerpos nunca fueron encontrados.
