Hacía solo 4 días, el 30 de junio de 1520, Hernán Cortés y sus tropas tuvieron que huir de la ciudad de Tenochtitlan en el episodio conocido como la Noche Triste. Durante su huida, el ejército de Cortés sufrió bajas considerables en la calzada México-Tacuba. Al llegar a Tacuba los invasores fueron repelidos fieramente y no lograron refugio en ningún punto de este poblado tepaneca. Por lo tanto, Cortés huyó hacia el rumbo de Totolpepec. En este lugar encontró refugio en un sitio fortificado. Hasta allí habría llegado una delegación de indígenas provenientes de Teocalhueyacan, quienes entregaron comida y provisiones a los españoles al tiempo que mostraron quejas sobre sus vecinos de Calacoayan, aliados de Tenochtitlan. Luego de esto, Cortés en actitud de venganza, se puso en marcha hacía Atizapan. Al llegar a orillas del pueblo de Calacoayan, el 2 de julio de 1520, se dio un ataque sorpresivo y cruel que culminó con la matanza de cientos de calacoayenses y el saqueo e incendio del poblado cuyos restos forman ahora la zona arqueológica de Calacoaya. Esto lo plasmó Bernardino de Sahagún en su obra Historia General de las cosas de la Nueva España diciendo:
"Y cuando hubieron llegado a un sitio que se llama Calacoayan, en una cañada, un poco arriba, allí donde hay cercas de piedra, mataron y apuñalaron los españoles a la gente.
No les habían salido al frente las gentes de allí, los habitantes de Calacoayan: sin culpa suya fueron matados. En ellos desquitaron su ira, en ellos vaciaron su venganza."La batalla y masacre de Calacoaya, forma por lo tanto, parte de la defensa y resistencia de los pueblos del Valle de México frente a los invasores europeos.
