El 3 de noviembre de 1893, el Cabo Machichaco, después de haber pasado la cuarentena en el lazareto de Pedrosa, ya que se habían dado varios casos de cólera en Bilbao, estaba atracado en el muelle saliente llamado número 2 de Maliaño, ubicado justo frente a la actual calle de Calderón de la Barca. Entre otras mercancías que había en el barco, como harina y material siderúrgico, también transportaba varios garrafones de ácido sulfúrico en cubierta y algo más de 51 toneladas de dinamita, de cuya existencia no se había dado parte, o bien fue omitido por las autoridades portuarias.
Aproximadamente a la una y media de la tarde, las autoridades locales recibieron la información de que se había producido un incendio a bordo del Cabo Machichaco, que se intentó apagar con los pocos medios disponibles del barco, los de los bomberos, que al parecer también eran algo escasos, y los del gánguil de la Junta del Puerto. Ante esta situación, la mayoría de las autoridades locales y técnicos se involucraron en el incendio para tratar de sofocarlo. El incendio, que se originó en la cubierta y después se extendió por las bodegas de proa, surgió como consecuencia de la explosión de una bombona de vidrio con ácido sulfúrico.
El fuego atrajo multitud de curiosos, que, ajenos a lo que había en la bodega, contemplaban el fuego. A las cuatro de la tarde, con el incendio todavía presente, se supo el contenido de la embarcación. A pesar de ello, el público no fue retirado de la zona por las autoridades.
Una hora después, las dos bodegas de proa estallaron. La explosión produjo una gran tromba de agua de miles de toneladas, arrastrando a muchas personas al mar. La onda expansiva se propagó por toda la bahía. Algunos edificios cercanos se derrumbaron. Cientos de fragmentos de hierro salieron disparados a varios kilómetros de distancia. La magnitud de la explosión fue tal, que un calabrote llegó hasta la localidad de Peñacastillo, a 8 kilómetros de distancia, y mató a una persona. Una ermita medieval situada a varios kilómetros de distancia, no pudo resistir la onda expansiva de la explosión y también se derrumbó. Todos los que subieron al barco, incluidos 32 tripulantes del Alfonso XIII y el capitán del mismo, Francisco Jaureguizar, dejaron su vida en la explosión que se produjo.
El resultado de la explosión fue de 590 muertos y 525 heridos, aunque otros citan unos 2,000 heridos. Cabe destacar que en aquel momento había 50,000 habitantes censados en la ciudad de Santander. Fallecieron la mayor parte de las autoridades civiles y militares de Santander, incluido el gobernador civil Somoza y su bastón fue encontrado en la playa de San Martín, a miles de metros de distancia, además de bomberos, trabajadores y curiosos que se habían acercado para observar cómo ardía el barco.
